Вообщем разобрался. Меня заинтересовала строчка "
Support for high DPI displayss" на сайте программы в изменениях версии.
Заподозрил, что может эту строка (что в моем посте выше на скрине обозначена желтым) просто не видна, т.к. у меня в персонализации выставлен DPI не 100% а 125%. Так и оказалось. Сменил на 100% и эти временные окошки отобразились.
Но т.к. из за одной программы менять DPI экрана я не намерен, то придется пока быть на 3.2.6.3 версии и надеяться, что может автор поправит сие недоразумение.
Кстати, на Хабре есть статья, посвященная этой теме
http://habrahabr.ru/post/248135/ В ней есть строчка:
Цитата: DPI-Aware приложения – приложения которые умеют при различных значениях DPI правильно, без искажений, отображать свой GUI
Видимо у Xmedia Recode с этим "правильным отображением" своего интерфейса есть косяки.
Может кто нибудь смог бы донести разработчику эту проблему? Я к сожалению в иностранных не силен.
[/more]