о том, как запускать программу в качестве службы, рассказано, например, тут:
windows 2000 faq »
Как запустить программу как сервис?. возможно, это - действительно подходящее решение для твоей ситуации. насколько я помню, в gsx server предусмотрены опции "стартовать вирт. машину после запуска приложения" (в свойствах вирт. машины). другого способа решить проблему я не знаю (кроме как держать машину в постоянно залогиненном состоянии).
на будущее - указывай, пожалуйста, название своей ос в заголовке темы. а общие вопросы по vmware gsx server всё-таки надо будет решать в "
программах". если не сможешь найти решения в этом форуме - попроси модераторов, они перебросят тему туда.
удачи