Цитата: new-mss=1300 ставился? а вообще, говорят, mturoute.exe -t в помощь 
  Не не ставился. Спасибо попробую.   
 Там ещё такая незадача. Вот у тех филиалов которые через другого провайдера ходят, проверял скорость скачивания с помощью speedtest.net. 
 Берем отдельно взятый филиал. 
 Канал предположим 10 мегабит. В центральном 50 мегабит. Судя по speedtest скорость rx/tx 4/2 мегабита. 
 Ставлю на филиальном роутере натирование в обход тунеля (напрямую) 
 скорость 9/9. 
 Оба устройства не загружены. Канал на центральном роутере тоже. 
 Отследить в чем причина как-то проблематично.    
Добавлено:  Вот сделал с 1го из проблемных хостов:   
 До одного из хостов за 1200м   
 $ tracepath -n 172.20.1.98 
  1:  192.168.99.254                                        0.155ms pmtu 1500 
  1:  192.168.99.1                                          0.751ms  
  1:  192.168.99.1                                          0.563ms  
  2:  192.168.99.1                                          0.553ms pmtu 1480 
  2:  192.168.99.1                                          0.594ms pmtu 1380 
  2:  172.31.31.2                                           2.376ms Адрес туннеля 
  3:  172.20.1.98                                           4.999ms reached 
      Resume: pmtu 1380 hops 3 back 253    
 вот до ya.ru   
 $ tracepath -n ya.ru 
  1:  192.168.99.254                                        0.135ms pmtu 1500 
  1:  192.168.99.1                                          0.716ms  
  1:  192.168.99.1                                          0.555ms  
  2:  192.168.99.1                                          0.543ms pmtu 1480 
  2:  192.168.99.1                                          0.583ms pmtu 1380 
  2:  172.31.31.2                                           2.335ms  
  3:  109.126.xx.xxx                                        3.118ms Публичный IP 
  4:  109.126.x.xxx                                         3.454ms  
  5:  109.126.x.xxx                                         3.371ms  
  6:  193.232.136.33                                        3.118ms  
  7:  87.250.233.119                                      135.477ms asymm 14  
  8:  87.250.233.126                                      139.955ms asymm 13  
  9:  213.180.213.63                                      145.258ms asymm 12  
 10:  213.180.213.32                                      141.964ms asymm 13  
 11:  213.180.213.69                                      143.475ms asymm 13  
 12:  87.250.251.3                                        141.106ms reached 
      Resume: pmtu 1380 hops 12 back 54      
 C виндового хоста попробую завтра.   
 Честно говоря особо сокрального понимания откуда у ноги у проблемы ростут эти действия не принесли. 
 не совсем понятно откуда взялось 1380