Что удалось выяснить.
Следствие: действительно происходит изменение (не разрушение!!!) структуры файла SYSTEM, а именно изменяется порядка 4Кб (по-крайней мере в выложенном) и этого достаточно для того, чтобы система при загрузке не смогла его распознать, хотя он и лежит в нужном месте и имеет оригинальное название. Причем эти изменения совершенно не относятся к каким-то значениям или параметрам. Лечится довольно просто, с сохранением всех внесенных системой и ПО изменений. Дождись очередного падения реестра или можешь сразу загрузиться в WinPE и заменить хороший файл плохим. Теперь, здесь же в WinPE, открываешь в редакторе реестра этот самый "коцаный" SYSTEM, через меню Файл > Загрузить куст. При загрузке куста система скажет, что "Потребовалось восстановление бла-бла-бла" и загрузит куст. Т.е. сам куст "живой". Также это сработает, если просто загрузиться в WinPE сразу после падения реестра, перед входом в систему вылезет этоже сообщение. Теперь перегружайся уже в основную систему, которая должна нормально грузиться.
Причина: я и сам горю желанием это знать
У себя довольно трудно ее определить, ведь происходит это у тебя.
Также примечателен тот факт, что выложенный тобой файл SYSTEM из каталога "ОК", также "страдает" некоторым горбатым изменением. В этом легко убедиться если загрузить этот файл в редактор реестра. При загрузке возникает все тоже сообщение: "Потребовалось восстановление бла-бла-бла". При восстановлении размер файла не изменяется ни на байт, изменяется только содержимое, правда всего около 2Кб, но изменяется, что указывает на то, что этот файл уже не совсем "здоров".
Попробуй обнулить диск и установить систему с ноля и первое, что сделай после установки, скопируй в сторону файл SYSTEM и попробуй загрузить его копию в редактор реестра... будет ли выскакивать приведенное выше сообщение об восстановлении?
Добавлено NordS На всякий, какая у тя файловая система?