Цитата: Решение - полная перепаковка файлов (распаковываешь многотомный архив и пересобираеш его заново).
а кто умеет перепаковывать?
Попробовал использовать тулзу, которая пришла на замену imagex (который больше поддерживаться не будет) в W7
Dism.exe /Mount-Wim /WimFile:C:\WIM\BootSDI.wim /index:3 /MountDir:C:\WIM\BootSDI
copy /b mytestfile.txt c:\BootSDI\mytestfile.txt
Dism.exe /UnMount-Wim /Commit /MountDir:C:\WIM\BootSDI
Эффект тот же.
Значит это не нарушение структуры фалов, а такой формат WIM, в котором изменения дописываются в конец.
Хочется надеяться, что когда-нибудь PXELDR научится работать с native wim форматом.