Задайте при экспорте через фильтр имя папки как функцию - дату или тему исходного письма...
В целом надо конкретизировать потребность: по какому принципу раскладываются файлы по папкам?
Стабилен ли этот принцип или каждый день меняется?
Какие признаки сортировки и насколько они устойчивы?
В целом нужно обсуждать конкретику, а не такую общую задачу, т.к. в таком виде она в принципе неразрешима (в *любой* почтовой программе), ИМХО
И советую сделать тон помягче: здесь не техподдержка и никто не обязан давать советы в ответ на плохо сформулированные вопросы...