sewell на будущее. к SystemSertificates autoruns таки обращается (советую обратиться к исходникам сабжа, которые ныне можно утянуть либо через торренты, которыми лично я не пользуюсь, либо из привата, на различных закрытых форумах). и, кстати, советую почитать по сабжу
вот эту статью на msdn (читать до просветления). а падать может из-за открытого хэндла My неким сторонним процессом, - и это баг autoruns, который руссинович не хочет прикрывать. лечится - закрытием My, причем вопреки здравому смыслу система продолжает стабильно работать.
далее. ошибку выхода лучше искать в специализированных справочниках. я покапался в одном из таких талмудов и вот чего нашел (перевожу с немецкого, так что...): переполнение значений данных, характерезующееся утечкой системных ресурсов. в общем, где-то что-то определенно мешает стабильной работе тулзы. логи то я rghost'а, увы, стянуть не могу - немецкие провайдеры к "сомнительным" по их мнению ресурсам доступ бьют наизлете, так что пардон.