Я разобрался. У меня мышка многокнопочная-многороликовая, соответсвенно драйвер установлен. Если в настройках драйвера мышки включить "Совместимость с MS-IntelliMouse" (есть у меня такое), то все скроллируется. Видимо Комодо с драйвером мышки в плохих отношениях 
