Написал на оффоруме, напишу и здесь - может кому пригодится.
После смены ini для включения элементов интерфейса управления правилами приложений (как в 8-й версии) происходит сбой правил - КИС будет переспрашивать одно и то же событие, но, видимо, не сохранять ответ в базе. Это происходит как при изменении от 9-ки к 8-ке, так и обратно (возврате оригинальный hips.ini и settings.ini на место).
Думаю, что причина - разный подход к сохранению правил: в 8-ке можно было создать целую группу Adobe, куда загнать все приложения от Адоба. В 9-ке, по-видимому, все правила уникальные, а группы всего 4 (Доверенные, слабые ограничения и т.д.).
Так что учтите, что после манипуляций с ini нужно производить сброс настроек правил приложений (контроля программ и сетевого доступа), после чего их задавать заново.
На основании этого для пользователей, которые хотят задать сетевой доступ каждому приложению индивидуально, полезно сразу сменить для "доверенных" доступ к сетям с "разрешать" на "по запросу" - в противном случае все программы, расцененные как "доверенные" будут сразу иметь полный доступ к сети. Как заранее предупредить это и добавить правило доступа в сеть для конкретного приложения до его запуска - в 9-ке я не нашёл