HelioSS, все верно. Prefs.js "автоматический" файл, а в user.js вносятся ваши настройки вручную, и "подхватываются prefs.js. Проще говоря prefs.js опирается на user.js (в зависимости от внесенных вами настроек в тот же user.js) Как я понимаю вы либо просто переименовали prefs в user (в этом случае prefs создался автоматически).
Также возможно вы использволи ConfigFox, который может создать user.js за вас.
Т.е. когда вы заходите через браузер в about:config и изменяете там настройки, изменения вносятся в prefs.js, а не user.js. Чтобы ваши измененные настройки появились в user.js нужно закрыть браузер, открыть этот файл, и внести параметр.
Также возможно вы использволи ConfigFox, который может создать user.js за вас.
Т.е. когда вы заходите через браузер в about:config и изменяете там настройки, изменения вносятся в prefs.js, а не user.js. Чтобы ваши измененные настройки появились в user.js нужно закрыть браузер, открыть этот файл, и внести параметр.