Vouk1, на ваши "не большие" вопросы нужно давать довольно объёмные ответы, – наверное поэтому никто и не отвечает.
Итак, вкратце:
1. Нет, можно лишь форсировать (forced track flag: yes) по одной дорожке каждого типа и адекватно настроенный плеер начнёт воспроизведение именно с них.
2. Если речь о проводнике винды, то, насколько я знаю, – нет. Для большинства "железных" медиаплееров – да. Matroska Cover Art Guidelines.
3. Извлечь можно любым MP4-(де)мультиплексором, например, MP4Box (My MP4Box GUI, YAMB), MP4Muxer – взять можно здесь. Ну и ffmpeg, конечно...

Итак, вкратце:
1. Нет, можно лишь форсировать (forced track flag: yes) по одной дорожке каждого типа и адекватно настроенный плеер начнёт воспроизведение именно с них.
2. Если речь о проводнике винды, то, насколько я знаю, – нет. Для большинства "железных" медиаплееров – да. Matroska Cover Art Guidelines.
3. Извлечь можно любым MP4-(де)мультиплексором, например, MP4Box (My MP4Box GUI, YAMB), MP4Muxer – взять можно здесь. Ну и ffmpeg, конечно...