Я работаю с KbdEdit и Punto. Там есть пара нюансов, но в итоге более-менее всё удаётся утрясти. В меню Пуск в группе punto идёт утилита настройки раскладок. Ей пользовались? Если нет, самое время.
Опишите свою раскладку в KbdEdit. Пользуетесь ли Kana/Loya/Roya? Если да, то стоят ли в этих "слоях" раскладки буквы алфавита?