Я ставил на две системы - сервер 2008 r2 на виртуалке и windows 7 proffessional x64 - реальная машина. И на той и на другой системе файлов от 64-разрядной арифметики не обнаружил.
Пробовал установку в разные папки, с разным набором параметров - результат одинаков.
Плюнул, поставил сборку Punto_Switcher_3D_NoNet_3.2.3.56.exe (брал из этого топика) - там все нормально.
P.S. Т.к. Ваша сборка ставиться в папку program files (86), то следовательно она разрядность системы все же определяет, ведь в х86 такой папки нет, но вот файлы от х64 не добавляет.