Сравнение файлов - Compare, Merge
Ellie Computing - http://www.elliecomputing.com/Products/merge_overview.asp
Active File Compare - http://bayanov.narod.ru/afc.htm
Guiffy - http://www.guiffy.com/
KDiff3 - http://kdiff3.sourceforge.net/
xxdiff - http://xxdiff.sourceforge.net/
CSDiff - http://www.componentsoftware.com/Products/CSDiff/highlights.htm
ExamDiff - http://www.prestosoft.com/ps.asp?page=edp_examdiff
Multi-File Compare - http://sourceforge.net/projects/multi-fcompare/
File Compare - http://sourceforge.net/projects/compare/
xdelta - http://sourceforge.net/projects/xdelta/
DiffMerge - http://www.sourcegear.com/diffmerge/
Таблица сравнения возможностей 35 программ на wikipedia
Отдельные темы по программам:
Active File Compare
Araxis Merge
Beyond Compare
Compare++
Compare It!
Compare Suite
ExamDiff Pro
UltraCompare
WinMerge
Если не знаете какую программу выбрать - советую начать с Beyond Compare.
Я протестировал большинство из них и выбрал именно эту - как самую лучшую. (embrace909)
Visual Diff Tools in Linux