IDE
Aptana Studio [X F] особенно вторая версия - основанная на Eclipse среда разработки Web-проектов (HTML, CSS, JavaScript, PHP, Ruby), валидация, отладка, форматирование исходников, встроенный сервер для предварительного просмотра
Spket IDE [X F] - ИМХО наиболее правильный редактор JavaScript на основе Eclipse (существует в виде плагина под Eclipse и отдельной IDE)
профайлеры
JProfiler [X C] - мощный профайлер Java и в особенности J2EE
компараторы
Beyond Compare [X S] - в оригинале указано [W S]
Kompare [L O] - простой компаратор под KDE, возможностей немного, зато легкодоступен под Linux (по крайней мере, в Debian/Ubuntu/Mint)
KDiff3 [L O] - аналогично Kompare
ссылки на компараторы не указываю, т.к. Beyond Compare уже есть, а Kompare/KDiff3 присутствуют в пакетах дистрибутива Linux.