Похоже, есть какие-то продвижения по проблеме с chkdsk on Windows 7 

 Все нижеперечисленное применимо к Avira Premium Security Suite on Windows 7 
x32 (в саппорте это несколько раз подчеркивали. Для x64 то ли пока что ничего не придумали, то ли там такой проблемы вообще нет). На счёт других продуктов не знаю. 
 Я почти уверен, что дело в файле c:\Windows\System32\drivers\avgntflt.sys Это - File System Filter Driver (драйвер фильтра файловой системы). Из-за него происходит при каждой загрузке винды такая ошибка:   
   Но chkdsk включается не после каждой такой ошибки. Почему - точно не знаю. 
 В саппорте предложили 3 метода решения проблемы (приведу только первый, т. к. остальные два, мягко говоря, не очень; к тому же, он вроде как работает). 
 Метод заключается в замене этого файла (c:\Windows\System32\drivers\avgntflt.sys) на более новый, пока (?) не включенный в официальное обновление, который они прислали мне по мылу. Чтобы заменить его, нужно:  
 1) убедиться, что включена ф-ия Configuration(Expert mode)/Guard/Scan mode/Scan when reading and writing (в русской версии, наверное, будет что-то вроде Защитник/Режим сканирования/Сканировать при чтении и при записи) 
 2) Отключить Configuration/Protect files and registry entries from manipulation в General/Security (Общие/Безопасность/Защищать файлы и записи реестра от манипуляций) 
 3) заменить файл на новый 
 4) включить Защиту файлов и записей реестра (п. 3) 
 5) перезагрузиться   
 Вот собственно сам файл:   
rapidshare  vipfiles    Правда, если зайти в свойства файла/подробно, то и версия файла и версия продукта - 9.0.3.16 (как и написано в саппорте), а вот в самой программе версия не изменилась - 9.0.3.15 Но файл точно другой - размер и дата другие 

 Файл имеет цифровую подпись, но если вы мне всё равно не доверяете, можете запросить его у модератора в саппорте 
тут  После этой замены не было ни одного chkdsk и ни одной ошибки, как на скрине выше. Вирусы ловит как и раньше - проверил на архиве с несколькими тысячами вирусов - число обнаруженных угроз не изменилось по сравнению со старым файлом. Фаер и вебгуорд тоже работает. Почему версия в программе не изменилась, нет для x64, почему не включают в обновление/дистрибутив, что именно там поменяли - не знаю. Предполагаю, что это пока бета-версия файла и вскоре выпустят финальную. Так что ставить тем, кого сильно достал chkdsk (как меня 

).