ebabkin Восстановить MBR и Вoot сектор раздела можно и на месте, из копий или по смыслу.
С чем прекрасно справляется TestDisk, Акронис и масса других програм восстанавливающие потеренные разделы.
Собственно два этих сектора указывают координаты файловой системы. К самой файловой системе они отношения почти не имеют.
Случай когда раздел совсем не виден, можно считать очень легким для восстановления. А если раздел виден, но система его считает не форматированным. То, как правило проблема более серьезная.
Cлетевшую MFT или основные системные файлы поправить только в очень простых случаях возможно. В остальных случаях, восстановление на месте займет гараздо больше времени, чем копирование файлов на другой диск. Не важно руками или автоматически это будет делаться. После каждого внесенного изменения в структуры ФС придется всю файловую систему сканировать по новой, чтоб получить правдоподобную картину.
Чем больше поправок, тем больше сканирований. Либо производить такие правки в полной копии всего раздела. Править нужно сразу в нескольких местах MFT и системных файлах. Пересчитывать индексные деревья каталогов и коректировать прочие файлы структуры NTFS. Все они должны быть коректны, иначе "не взлетит". Не известен также механизм проверки структур на корректность. Т.е. помимо правки самих ссылок, нужно еще и контрольные параметры править.
Так что не надейтесь - нет такой программы чтоб, NTFS при слетевшей файловой структуре на месте восстанавливала.