VorlandЦитата: шифрует его на лету и отдаёт на запись драйверу NTFS или FAT винды?
так и есть, достаточно прочитать мануал, глава "введение":
Цитата: Шифрование на лету означает, что данные автоматически зашифровываются непосредственно перед записью их на диск и расшифровываются сразу же после их загрузки
а всё кэширование записи определяется только настройками файловой системы несущего диска.. 
 соответссно, всё, что можно "починить" средствами системы, также справедливо и для содержимого контейнера.. 
 самое неприятное, что может иметь место - повреждение заголовка тома трукрипта.. на что и нужен его бэкап..  
Цитата: не встречалось описание механизма работы Truecrypt именно как низкоуровневое?
нет.. да и не должно его быть - драйвер сабжа работает 
между драйверами файловой системы и приложениями..  
Цитата: нельзя ли как-то на лету ....... обновить
по-моему, в явном виде необходимость такого "апдейта" нигде не описана.. 
 и, как думается, если не менять алгоритм шифрования/ключи, то смысла особого нет..   
 хотя, если учесть, шо
Цитата: контейнер был создан ещё в версии 3.xx
то я, всё-тки, не поленился бы сделать новый контейнер.. хотя бы ради этой встроенной копии заголовка.. 
 а после каждой последующей смены версии драйвера/оболочки можно на всякий случай пересоздавать заголовок.. 
 и по-новой делать его бэкап.. ну.. хуже от этого точно не будет.. :)   
 тож самое по содержимому - не должна жаба душить за бэкап данных, они всегда дороже места на винте.. ))