terminat0r  Из тех 7 лет, которые говорите у LyX только 3 последних с кириллице все 
кажется в порядке. Ну, 
mpetroo написал, а то есть еще... 
 До недавно вставлять кириллический текст в TeX вставках было невозможно вообще. Еще не все TeX команды там проходили. До 2007 кириллица вообще и не изображалась как надо на многих местах. И это без значения Windows, Linux и т.д.   
 LyX does not display properly Cyrillic characters  
http://www.lyx.org/trac/ticket/2309  И этот баг был сообщен 2006, решали его до 2007. Решали его один год...   
 После этого вот такой баг был: 
 Critical bug, due to this, no Cyrillic document could be compiled with LyX 1.6  
http://www.lyx.org/trac/changeset/26560    Еще есть у LyX было такое явление как гистерезис. Скорее не наблюдал, но у 1.3-1.4 было очень даже заметно. Делаем компиляции, добавляем что-то, снова делаем компиляции, удаляем добавленного, снова делаем компиляции - уже компиляция не проходит.  Получается не всегда конечно. 
 Если добавлять - удалять много раз - то наблюдается очень интересная нелинейная динамика... 
 Исследовал, изобретал work around -ы, писал баг рапорты (e-mail разработчикам) и т. д., потому что был total LaTeX newbie.   
 Если у вас не было проблем, это не означает что проблем вообще нет. Но если хоть у одного есть проблема, то проблем есть. Вот такая и есть логика природы...    
\begin{offtopic} 
 Обобщение есть такое: 
 Немалая част всего Linux программного обеспечения - это одни коллекции багов. Вот например драйверы Intel. Если вообще инсталляция пройдет - то random freeze, random blackout, massive screen tearing, etc. Уже нажился на этого. А соответствующий (которого делали раз и навсегда 10 лет назад) Windows драйвер работает на 2000, XP, Vista, 7 без проблем. А Linux драйвер каждый день патчи делают... 
  
 Но несмотря на все это я очень признателен этих людей, делающих все это for free,  помогаю тем, что я могу. Поэтому троллинг - WorksForMe, UseEsotericWorkarounds, LinuxRunsSuperComputers, LinuxIsMalwareProof и т. д. - ето не хорошо. Программное обеспечение - это не религия, это наука. Нам истина надо, не каких то вероучении... 
 \end{offtopic}