Это не крайняю мера, такой метод на официальном форуме касперского рекомендуют.
Штатная утилита если что то и оставит, то только ссылку на саму себя, а это не повлияет на дальнейшую установку каспера.
Реестр лучше почистить потом любой чистилкой какая "к сердцу ближе", я лично чистил CCleaner. Он не очень глубоко чистит, но за то система от него никогда не падает.
Можно попробовать Registry First Aid, правда очень осторожно...