Какая прекрасная тема!
Столкнулся с этой проблемой относительно недавно, после покупки нового диска Seagate ST2000DM001, хотя до этого не знал и не подозревал о существовании такого рода проблемы.
Установил винду, ну и линукс, дистрибутив дебиан сквизи. Всю основную разметку делал из-под виндовс, а расширенный разбивал на логические при установке дистрибутива линукс. Захожу в дисковую утилиту гнома, а она мне пишет, что мой расширенный раздел смещён на 1024 байт.
[more=Вывод fdisk]
Код: Disk /dev/sda: 2000.4 GB, 2000398934016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 243201 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Disk identifier: 0x0005b61d
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 * 1 8380 67305472 7 HPFS/NTFS
/dev/sda2 8380 112915 839680000 7 HPFS/NTFS
/dev/sda3 112915 243202 1046526977 5 Extended
Partition 3 does not start on physical sector boundary.
/dev/sda5 112915 116740 30718976 83 Linux
/dev/sda6 116740 117275 4299776 82 Linux swap / Solaris
/dev/sda7 117275 243202 1011506176 83 Linux