Отлично, если склонируется - будем считать, данные спасены.  
 Ремонтировать саму "коробку для дисков" я бы стал с уже чистыми дисками. Странно вы пишите.
Цитата:  системный раздел во время ресетта, т.к документов там под завязку, а диску командовал пиши пиши! 
  Неужели "коробка" такая "тупая" что сама затёрла свой системный раздел? Не верю. А диск стучит из-за неисправности его самого или невозможности прочитать свою служебку, я думаю. Запишите звук, как он стучит - и я скажу с вероятностью 99%.   
Цитата: на копии конвертировать файловую систему на фат или нтфс что бы из под Виндоза работать?
  А я вообще не слышал, чтобы проги конвертировали "линуксовые" ФС в "виндовые". Неужели уже и это освоили, во дают. Я бы линукс поставил, чтобы документы перенести в "виндовую" ФС.  
Цитата: клонирую HDClone (6 часов обещает!!!)
  Это, наверно, free версия. В ней ограничение на скорость. Ну да ладно, если сделает, то не буду вам слать другую. Главное чтоб сделал.  
Цитата: ехт3, 4 раздела (3 системных по 980, 981, 250мб, и документы 463gb) Причём диск менеджер виндоз похоже показывает активный раздел (заштрихованный) первым, а хдклон вторым (темно-зелёным)
  Это странно. А винда какая? Семёрка. Вам бы раздобыть Acronis Disk Director, образ загрузочного диска, например. С него загрузиться и посмотреть (заодно поправить, если надо). У меня он никогда не врал про активный раздел.  
Цитата: Посоветуйте пожалуйста какие мне шаги дальше предпринимать надо. 
  Убедиться, что данные на копии доступны (установкой ли Линукса на комп или конвертацией файловой системы - решать вам). Ну а там и восстанавливать "коробку для дисков". 

 Кстати, я понял, что стучит только один из двух дисков. Вот если раздобыть ещё один SATA-диск, равного или большего объёма и вставить его в "коробку", не загрузится ли она? По идее если RAID зеркальный, то при отвале одного диска, должен был работать второй. А при замене отвалившегося, "коробка" должна сама сделать копию данных на него и продолжить работу. Попрбуйте включать "коробку" только с одним рабочим диском (после того, КАК СНИМИТЕ С НЕГО КОПИЮ, естессссно). Я ничего не упустил?