Цитата: без спросу начала мусорить в систему (говорю о портабельном варианте): пихает пустую базу и новый 'cintanotes.settings' в C:\Documents and Settings\user\Application Data\[прежний путь к базе]\
Хм, по идее это должно происходить только когда программу запускают внутри каталога Program Files, т.к. писать в этот каталог (и подкаталоги) нельзя. У Вас это происходит при запуске из любого каталога?
Цитата: Выбор уже существующего файла Записной книги (с поставленным крыжиком 'Переместить текущую записную книгу') даёт окошко ошибки 'boost::filesystem::rename: Процесс не может получить доступ к файлу, так как этот файл занят другим процессом'
"Переместить текущую записную книгу" означает фактически сохранить текущую базу в выбранный файл.
Возможно была запущена другая копия CintaNotes, в которой был загружен этот файл, и поэтому файл был заблокирован и на запись его открыть не удалось?
Кстати советую скачать дистрибутив с оф. сайта еще раз - исправил несколько мелких ошибок типа ненужного создания log.txt (увеличивать номер версии из-за этих мелких правок не стал).