Для себя я так определил линейку качества систем класса PIM и иже с ними (прошерстив при этом порядка сотни различных)
Итак, а у т л а й н е р ы (чистокровки):
Русскоязычные (русифицированные)-
WinOrganizer 3.3 (в прошлом GoldenSection Notes)
InfoAngelPro 3.2 (еще одна игрушка для девочек
My Notes Center
Treepad Business Edition 7.2 (при всей общеизвестности и навороченности, ИМХО выглядит непрофессионально)
TexNotesPro
С англоязычным интерфейсом-
Mybase (ИМХО, лидер!, русифицирована старая версия, пока открыто локализацию не поддерживают приходится насильничать, новый русик на подходе)
Notebase 2004
Personal Knowbase
Zoot 4 (недурна вещица)
MyInfo 3.5 (очень даже ничего)
MaplePro 6.2
KeyNote
TreeDBNotes Pro
------------------------------------------------------------
Чистые п р о г р а м м ы - к а т а л о г и з а т о р ы:
WhereIsIt 3.7 (однозначно лучший!)
Advanced CATaloguer Pro 2.4
WinCatalog
Unicat
FolderViewer
Advanced File Organizer
Advanced Disk Catalog
10-Strike Disk-Pile
filesCatalog
------------------------------------------------------------
П р о г р а м м ы - а р х и в а р и у с ы
BookSeer (нус, этот всем известен)
Collmate (для коллекций)
BookCollectors
CD Collection
и мн.др.
рассматривать большое число каталогизаторов специализирующих на определенном жанре (книги, диски, видео/аудио и т.д.,… не вижу смысла, для простого пользователя важен универсальный подход
-------------------------------------------------------------
Чистые о р г а н а й з е р ы:
Lotus Organizer (классика жанра)
doOrganizer (TexNotesPro)
Above & Beyond
Redbox
PIMOne
Data Management Expert
myLifeOrganized
C-Organizer Professional
AVS-Organizer
и мн. др.
-------------------------------------------------------------
Б и з н е с - о р г а н а й з е р ы (не совсем тоже самое что системы домашних финансов)
AbilityCash (классная вещь!)
ПДО 2002
ПФО 2002
В свое время лучшей программой в данном классе был Декарт от компании Диско. Уже давно хорошо на данном поприще зарекомендовала себя программа ПФО 2002. Также очень недурно принцип представления финансового учета в виде иерархической структуры для домашних (и не только) целей демонстрирует программа AbilityCash (freeware). Ссылок не даю "кто ищет - тот всегда найдет"
-------------------------------------------------------------
С и с т е м ы с о х р а н е н и я к о н т е н т а (Web Organizers & Research Assistant):
WebCollect 1.7 for Mybase 5 (IE, FireFox)
MetaProducts Inquiry 2 (IE, Mozila Firefox, Opera)
ContentSaver Professional 2
Cyber Article (WebCatcher)
Комменты:
вывод краток: если не хотим ничего лишнего – достаточно будет остановиться на примочке к Mybase (жаль, нет пока поддержки Оперы); ContentSaver Pro - выбор advanced users, и, наконец, кто знаком с разработками компании Metaproducts (в лице Олега Чернавина) тот не разочаруется, в купе с OE Pro вещь ИМХО незаменимая. Можно побаловаться и с популярной Cyber Article китайского происхождения.
------------------------------------------------------------
монстры класса D a t a - M i n i n g (управление знаниями):
Correlate Personal 2.5
Personal Brain 2.0 (The Brain)
PlanBee
пр.
(с этими товарищами пока не разобрался, слишком специфические)
------------------------------------------------------------
Отмечу еще такую категорию программ как з а м е н а п р о в о д н и к а:
Directory Opus 8.0 (лидер, однозначно)
Roller
Tree Window
Disk Explorer Professional 3
Pro-File
в принципе, и Total Commander сюда же можно отнести
В общем, мечта - это когда четыре основные функциональные составляющие (База данных, Каталогизатор, Управление контентом, Органайзер) полноценно объединяться в одной. Пока лучший движок для этого myBase (особенно в плане возможностей экспорт-импорт, что ИМХО крайне важно), надо только программистов подталкивать, так что пишите письма господа продвинутые пользователи
Да, еще наверное стоит отметить отдельной строкой персональные м е т а п о и с к о в ы е с и с т е м ы работающие по всем типам файлов, формирующие расширенные отчеты с цитированием и т.д.:
Архивариус 3000 (говорят хороший)
diskMETA
SearchInformDesk
aSearch
dtSearchDesktop
Microsoft Windows Desktop Search 3.0
есть также Desktop варианты от Google и Yandex
Добавлено: Блин, и еще наверно одну категорию подведу сюда - D e s k T o p C M S (Offline Content Managament Systems или как E-Books Manager). Потребность в них возникает когда мы решаем поделиться накопленным богатством, посредством выкладывания всего энтого добра в Интернет, и тут без системы управления контентом, способной опубликовать отредактированные нами заметки со всей навигацией и связями не обойтись. Есть решения у myBase и TreePad выполненные в виде подключаемых модулей, есть и независимые разработки, типа WebPublish-1.1 (это под myBase).
В общем, резюмируя, требования к идеальной программе такие:
-Полноценная работа с жестким диском (то есть она должна стоять своим функционалом как бы между входами-выходами, как некий упорядывающий фильтр)
-Многоуровневая иерархическая база данных (классика юзабилити - интерфейс в виде дерева каталогов, наверное удобнее врядли что еще можно придумать)
-Метапоиск по всем типам файлов (пока слабенько у всех)
-Продвинутые экспорт-импортные возможности (по сути полная совместимость/интеграция со всем), возможности публикации
-Встроенные вьюверы-редакторы для большинства форматов (включая pdf и djvu)
-Просмотр внутри архивов
-Безопасность хранения данных (чтоб не пришлось потом вешаться, необходимы поддержка шифрования, резервного копирования, автосохранение, компрессия)
-Расширенная система связей (внутренние-внешние гиперссылки, якоря, пр.)
-Высокая скорость загрузки базы
ну, и далее весь рядовой комплект причиндалов: (планировщик, адресно-телефонные книги, менеджеры паролей, ссылок и т.п.)
Чтобы я могла настраивать шрифты, цвета и ля-ля... Ну, и чтобы ссылки были перекрёстные... 
Мне нужет многофункциональный органайзер, но при этом с приятным мне интерфейсом. 
Мне прям плохо, как гляну на него. Но чую - под непонятными словами и кнопками скрывается моща. 
А зато там чертовки наглядно выдаются перекрёстные линки - крррасота! И можно сохранить любой раздел, как красивую страничку .html 
- домой раньше 21 редко прихожу