Регистрация не всем программам нужна, а вот под Win не они сами, так сама ОС пишет в MRU ключи историю запусков. На OS/2 история так же хранится в системной БД конфигурации и там (насколько я помню с OS/2 Warp) её чистка это то ещё развлечение - хорошо если и сама IBM хоть половину ключей этой базы знает. На UNIX логирование запуска программ происходит в системные журналы, но и там иные программы любят в /etc/*conf мусор записать.
Так что тут лучше использовать более строгое определение подобных программ (кстати данное ещё в 1969 году той же IBM в описании OS/360):
Переносимой может считаться только такая программа, которая не хранит свои настройки вне своего каталога, не изменяет глобальные параметры операционной среды и не вносит изменений в файлы ОС. При необходимости на время работы программы допускается временное изменение отдельных глобальных параметров среды, но с обязательным условием восстановления их состояния на момент времени предшествующий данному изменению до завершения работы такой программы, кроме того такая программа не должна иметь жёсткой привязки к типу и адресу носителя с которого она запускается.
Оно чётко расставляет точки на "И" не допуская двусмысленности и произвольного толкования. И с этой точки зрения все эти "виртуалки" являются ничем иным чем просто стартовым контейнером, но вот следы в системе что ThinApp, что её аналог Spoon Studio оставляют, и очень даже замечательно, в том числе и пишут кучу недокументированных ключей в [HKLM\Software\Classes]. Я после одной такой "виртуалки" со стенда их штук двести вычистил. Хорошо тогда отмониторил куда эта "виртуалка" свой мусор кинула.