В VBoxManage есть команда на создание каталогов, а как удалить?
VBoxManage guestcontrol <vmname>|<uuid>
exec[ute]
--image <путь к программе>
--username <имя пользователя> --password <пароль>
[--dos2unix]
[--environment "<NAME>=<VALUE> [<NAME>=<VALUE>]"]
[--timeout <msec>] [--unix2dos] [--verbose]
[--wait-exit] [--wait-stdout] [--wait-stderr]
[--output-type=<binary>|<text>]
[-- [<argument1>] ... [<argumentN>]]
copyto|cp
<source on host> <destination on guest>
--username <имя пользователя> --password <пароль>
[--dryrun] [--follow] [--recursive] [--verbose]
createdir[ectory]|mkdir|md
<directory to create on guest>
--username <имя пользователя> --password <пароль>
[--parents] [--mode <mode>] [--verbose]
updateadditions
[--source <guest additions .ISO>] [--verbose]