Я честно говоря, проводил другой эксперимент - выключил ACPI драйвера в гостевой системе (в Vbox включил все ядра ). Результат - в хосте загрузка ~100%, даже мышка практически не двигается, Vbox - похожая ситуация.
Возможно, машину без ACPI - не совсем правильная эмуляция.
IO APIC - немного подтормаживает, но и разработчики об этом честно предупреждают.
А вот "баг" с мультиядерностью - скорость меньше, чем с одним, остался.