Сами подкаталоги, в которых нет BAT-файлов, или всё содержимое этих подкаталогов?
Если речь только о подкаталогах, то я делал так (использую плагин, поскольку стандартные методики исключений TC не очень надёжны):
1. Скачивается (здесь) и устанавливается WDX-плагин FileMask.
2. INI-файл плагина FileMask.ini редактируется: в секцию [DirMask] добавляется строка типа BAT=*.bat и файл сохраняется. TC далее лучше перезапустить.
3. Поиск запускается из того каталога, подкаталоги которого надо проверить (они должны быть закрытыми и невыделенными!).
4. В диалоге поиска на странице "Дополнительно" ставятся галки для "Атрибуты" и "Каталог" (можно ограничить атрибуты и на следующей странице, но так проще).
5. На странице "Плагины" строка приводится к виду: filemask — DirMask — = — 0 — BAT. Проследить, что стоит галка для "Поиск с плагинами"!
Всё, можно искать. Будут найдены все подкаталоги, где число файлов с данной маской равно нулю.
На основе указанного плагина можно также создать набор колонок, где сразу будет видно, есть в закрытом подкаталоге данного каталога (но не на более глубоких уровнях!) файлы данного типа или нет.