Userrr  "классический DLL hell" это когда dll кидаются в каталоги винды, а то, что предлагает 
LonerDergunov как раз достаточно грамотное решение - dll-ки из каталога тотал будут использоваться только тоталом и прогами, которые будут запущены из него. причем dll-ки из каталога тотала будут использоваться в самую последнюю очередь и только при условии что они не будут найдены в "стандартных для данной системы местах". исключение будет составлять  
 * сам тотал (и его плагины) 
 * проги, которые которые лежат в каталоге тотала  
 * проги, которые будут запущены с каталогом тотала в качестве current directory.   
 подробнее: 
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms682586%28v=VS.85%29.aspx    добавлено  кстати, более грамотным решением будет помещение dll в каталог %commander_path%\DLLs 
 и запуск тотала через батник, лежащий в каталоге тотала с таким содержимым   
Код:   rem %~DP0 в данном случае равен %commander_path%\ 
 set Path=%Path%;%~DP0DLLs 
 start %~DP0TOTALCMD.EXE