В целом понятно, но углубляться в решение такой задачи не имею ни времени, ни желания: есть гораздо более приоритетные дела. Могу лишь указать некоторые источники информации по упрощённому вызову синхронизации:
• Параметры командной строки, /S=S.
• Синхронизация каталогов, сохранение шаблонов (см. также описание секции [SyncOptions] в разделе справки про файл wincmd.ini).
Если всё это получится, то на основе созданной команды автозапуска синхронизации по предопределённому шаблону надо будет дальше создать пользовательскую (em_) команду, а уже её вызывать автоматически при каждом старте TC через специальные плагины (Autorun или TWinKey, подробности в их документации).