То, что лежит по указанной ссылке, предназначено для TC 7.50(a). В дистрибутив TC 7.55 и далее были добавлены ещё файлы, которые версия утилиты 1.13 не учитывает. Правда, они вспомогательные и предназначены для работы с TC при соединении через порты, но тем не менее...
И вообще, рекомендую пользоваться этой утилитой с осторожностью. Там копируются только стандартные файлы дистрибутива, пользовательские файлы настроек (INI, BAR), подкаталог Language и папки с подключёнными плагинами. Игнорируются все нестандартные (добавленные пользователем) подкаталоги внутри каталога TC (например, для утилит), и соответственно, нестандартные файлы в каталоге программы (например, дополнительные библиотеки и файлы, добавленные при установке полного пакета русификации). С учётом этого модифицируется и файл wincmd.ini, где убираются/изменяются ключи, указывающие на отсутствующие теперь пути.
Кроме того, есть проблемы и с копированием самих плагинов. Утилита, во-первых копирует только папки плагинов, подключённых в данный момент к TC (прописанных в настройках), а во-вторых самоуправно изменяет имена папок, отличных от точного имени файла плагина, на это самое имя.
Кроме того, использование tc2usb tool предполагает предшествующую корректную установку TC на жёсткий диск из дистрибутива, чтобы каталог установки и место хранения INI-файлов были прописан в реестре. Если это не так (например, TC ставился не через инсталлятор, а прямым копированием каталога), надо будет внести такую запись утилитами Inireloc или TCDir.
В свете вышесказанного лично я предпочитаю портабельный вариант TC делать только вручную.